Verschil tussen SYBR Green en Taqman

SYBR Green en Taqman zijn twee methoden die worden gebruikt om het amplificatieproces van real-time PCR te detecteren of te bekijken. SYBR Green is een methode op basis van intercalerende nucleïnezuurkleurstof, terwijl Taqman een methode is gebaseerd op een hydrolysesonde. Beide technologieën zijn ontworpen om fluorescentie te genereren tijdens de PCR, waardoor de realtime PCR-machine de reactie in "real time" kan volgen. SYBR Green-methode wordt uitgevoerd met behulp van een fluorescerende kleurstof genaamd SYBR-groen en detecteert de amplificatie door de kleurstof te binden aan geproduceerd dubbelstrengs DNA. Taqman wordt uitgevoerd met behulp van dubbel gemerkte probes en detecteert de amplificatie door degradatie van de probe door Taq-polymerase en afgifte van de fluorofoor. Dit is het belangrijkste verschil tussen SYBR Green en Taqman.

INHOUD 1. Overzicht en belangrijkste verschil 2. Wat is SYBR Green 3. Wat is Taqman 4. Zij aan zij vergelijking - SYBR Green versus Taqman 5. Samenvatting

SYBR Green is een fluorescerende kleurstof die wordt gebruikt voor het kleuren van nucleïnezuren, met name dubbelstrengs DNA in Molecular Biology. SYBR Groene methode wordt gebruikt om PCR-producten te kwantificeren tijdens de real-time PCR. Zodra het zich bindt met DNA, absorbeert het resulterende DNA-kleurstofcomplex blauw licht en straalt het intens groene licht uit. Het gebeurt vanwege de structurele verandering die optreedt in het kleurstofmolecuul na binding met dubbelstrengs DNA. Wanneer PCR meer en meer DNA creëert, binden meer kleurstofmoleculen met DNA, waardoor meer fluorescentie ontstaat. Daarom neemt de fluorescentie toe met de accumulatie van het PCR-product. Daarom kan de hoeveelheid PCR-product kwantitatief worden gemeten met de SYBR Green fluorescentiedetectie.

SYBR groene kleurstof kan ook worden gebruikt voor DNA-labeling in cytometrie en fluorescentiemicroscopie. Ethidiumbromide is met succes vervangen door SYBR Green, omdat Ethidiumbromide een kankerverwekkende kleurstof is met verwijderingsproblemen tijdens DNA-visualisatie in de gelelektroforese.

Er zijn voor- en nadelen van de SYBR groene methode. Deze methode is zeer gevoelig, goedkoop en gemakkelijk te gebruiken. Vanwege zijn vermogen om aan elk dubbelstrengs DNA te binden, kan niet-specifieke binding echter leiden tot overkwantificering van het PCR-product.

Taqman is een alternatieve methode voor SYBR Green om het realtime PCR-proces te volgen. Deze methode hangt af van de 5 '- 3' exonuclease-activiteit van Taq-polymerase-enzym om de probes af te breken tijdens de verlenging van de nieuwe streng en afgifte van fluorofoor. Bij deze methode worden dual-gelabelde probes gebruikt en deze is gebaseerd op de hydrolyse van probes. Probes zijn fluorescent gemerkte DNA-oligonucleotiden met een fluorescerend reportermolecuul (fluorofoor) aan het 5'-uiteinde en een uitdovingsmolecuul aan het 3'-uiteinde. Ze zijn ontworpen om te binden aan de enkelstrengs sjabloon aan de tegenoverliggende zijde van de primergloeien. Taq-polymerase voegt nucleotiden toe aan de primer en verlengt de nieuwe streng naar de dubbel gemerkte probes. Zodra het Taq-polymerase de sonde ontmoet, activeert en degradeert exonuclease-actie van het Taq-polymerase de sonde. Nadat de synthese van de nieuwe streng is voltooid, wordt de probe onderworpen aan volledige afbraak en laat de fluorofoor vrij. De afgifte van fluorofoor genereert fluorescentie. Fluorescerende quencher-molecule dooft efficiënt het uitgestraalde licht en creëert de output voor kwantificering van het PCR-product. De afgifte van fluoroforen en de hoeveelheid van de PCR-producten zijn evenredig. Vandaar dat kwantificering eenvoudig kan worden uitgevoerd met de Taqman-methode.

Taqman-methode wordt gebruikt in realtime-PCR, kwantificatie van genexpressie, detectie van genetische polymorfismen, kwantificering van chromosomale DNA-deleties, bacteriële identificatie, verificatie van microarray-analyse, SNP-genotypering enz.

Taqman en SYBR groen zijn twee methoden die worden gebruikt in real-time PCR (kwantitatieve PCR). Beide methoden maken de kwantificering van het PCR-product efficiënt en vertrouwen op de emissie van de fluorescentie. Taqman-methode maakt gebruik van dual-gelabelde probes voor detectie van het opgehoopte DNA, terwijl SYBR Green-methode een fluorescerende kleurstof gebruikt. Beide methoden hebben ook verschillende toepassingen in de moleculaire biologie.

Referentie: 1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour en Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Vergelijking van SYBR Green- en TaqMan-methoden in kwantitatieve real-time polymerasekettingreactieanalyse van vier adenosinereceptorsubtypen." Geavanceerd biomedisch onderzoek. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 maart 2017. 2. "Real-time PCR-basisprincipes." Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. Np, nd Web. 13 maart 2017. 3. "SYBR groene en andere realtime PCR-kleurstoffen." Biocompare. Np, 05 april 2010. Web. 14 maart 2017

Afbeelding met dank: 1. "PCR with SYBR green" Door –Ygonaar 23:09, 7 maart 2006 (UTC) - Het is een grafiek gemaakt door Ygonaar met Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org /w/index.php?curid=619528 2. "Taqman" door gebruiker: Braindamaged - eigen werk (publiek domein) via Commons Wikimedia